Trước khi trở thành học viện Nho giáo, Học viện Nho giáo Byeongsanseowon ban đầu được đặt tại Pungsang-hyeon với tên gọi Trường Pungakseodang, được sử dụng làm cơ sở giáo dục từ triều đại Goryeo bởi một đảng chính trị được gọi là Đảng Sarim. Nó được chuyển đến vị trí hiện tại ở Byeongsan bởi một học giả Nho giáo nổi tiếng tên là Yu Seong-nyong, bút danh Seoae, vào năm 1572.



Khi Yu Seong-nyong qua đời vào năm 1607, nhiều người theo ông và các học giả nổi tiếng khác đã tưởng nhớ cố học giả Nho giáo bằng cách xây dựng Đền Jondeoksa để lưu giữ bài vị tổ tiên của ông vào năm 1613, sau đó đổi tên tổ chức thành Byeongsanseowon vào năm 1614. Bài vị sau đó được chuyển đến Yeogangseowon để đặt cùng với bài vị của Toegye Yi Hwang. Năm 1629, một tấm bia tổ khác của cố học giả đã được làm và đặt tại Đền Jondeoksa.



Năm 1863, Byeongsanseowon được nhà vua công nhận nhận hỗ trợ làm học viện Nho giáo tư nhân. Giảng đường và đền thờ được xây dựng lại lần lượt vào năm 1921 và 1937 như một phần trong nỗ lực bảo tồn được thực hiện trong thời kỳ Nhật Bản chiếm đóng. Học viện này được chỉ định là Di tích lịch sử số 260, nơi lưu giữ bộ sưu tập 1.000 tài liệu và 3.000 cuốn sách, bao gồm cả các tác phẩm của Yu Seong-nyong.