Khu đền Ganghwa Seonwonsa được phát hiện lần đầu tiên vào năm 1976 trong một cuộc kiểm tra bề mặt xung quanh Đảo Ganghwado do Nhóm nghiên cứu học thuật đảo Ganghwado của Đại học Dongguk thực hiện. Địa điểm này được chỉ định là Di tích lịch sử số 259 vào năm 1977. Đền Seonwonsa được xây dựng bởi Tướng Choi Wu vào năm 1245 (năm thứ 32 triều đại của Vua Gojong trong triều đại Goryeo), ngay sau khi chuyển thủ đô sang Ganghwado trong thời kỳ kháng chiến chống lại sự xâm lược của người Mông Cổ.

Ngôi chùa có ý nghĩa là trụ cột tinh thần trong cuộc chiến chống lại Mông Cổ. Nơi đây từng là một trong hai ngôi chùa lớn nhất Hàn Quốc cùng với chùa Songgwangsa. Tuy nhiên, ngôi chùa đã bị phá hủy hoàn toàn vào đầu thời Joseon, chỉ còn lại địa điểm này. Các khối gỗ nổi tiếng của Palman Daejanggyeong (Tripitaka Koreana), hiện được đặt tại Chùa Haeinsa ở Hapcheon, được cho là ban đầu được cất giữ tại Chùa Seonwonsa. Người ta tin rằng các khối gỗ chạm khắc đã được đưa từ Seonwonsa đến Đền Heungcheonsa trong thời kỳ Joseon và một lần nữa được chuyển đến Đền Haeinsa dưới thời trị vì của Sejo.

Nằm trên sườn núi, vị trí dự kiến ​​của khu vực xây dựng kéo dài 250 m từ nam tới bắc và 170 m từ đông sang tây.