申锡九出生于忠清北道清州郡美院面金官里。 15岁时，他离开家乡过着漂泊的生活，在朋友金振宇的传教下皈依了基督教，开始了宗教生活。 1908年，他正式开始传教生涯，1918年，在首尔水桥教会担任牧师期间，他作为33名全国代表之一参加了三一运动。 1919年2月27日，基督教代表聚集在贞洞教会李必柱牧师家签署《独立宣言》时，申锡九也参加并签署。他于3月1日参加了明月馆分部的集会，并在宣布独立后被捕，并在监狱里度过了两年半的时光。 1921年11月4日出狱后，他开始传道。在牧养天安教会时，他参加了一场反对神社崇拜的抗议活动，以保护自己的信仰，但再次被捕并被判处死刑，他病重后被释放。 1939年，他在日本殖民统治时期没有神社的平南龙江郡新游里教会、尤舍里教会、宗爱里教会担任牧师。1945年5月，他被龙江警察逮捕。因拒绝参加胜利祈祷仪式和升日本国旗而被出狱。