Ban quản lý Khu chế xuất Tân Thuận (nay là Ban quản lý các Khu chế xuất, Khu công nghiệp TP Hồ Chí Minh) được thành lập theo Quyết định của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) ngay sau khi Quyết định thành lập Khu chế xuất Tân Thuận của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng số 394/CT ngày 25/11/1991.