일출 선원은 일출암을 ‘재단법인 선학원’으로 등록하면서 선원으로 바꾼 것이다. 선학원은 한국의 전통 불교를 수호하고 일제의 사찰 정책에 대항하려 설립된 것으로 1922년 선우공제회를 결성하면서 선풍 진작과 청정 비구들의 자주 자립을 사명감으로 식민지 불교 정책으로 만연된 계율 파괴와 선 전통의 상실을 우려한 수좌들이 사찰령의 구속을 피하면서 일제 불교에 대한 저항의식으로 설립되었다. 지금도 선학원 소속의 사찰은 사(寺 )나 암(庵)이 아니라 선원으로 불리어지고 있다. 일출선원이 있는 운장산은 멀리서 보면 산봉우리가 구름과 같이 높이 보인다 하여 이름 지어졌고 이 산에 구름이 끼면 반드시 비가 온다고 ‘운무장산’이라 부르다 지금의 운장산으로 바뀌었다 한다. 검푸른 암벽과 붉은 토양으로 우뚝 선 바위 밑에 자리한 절집은 본래 신라시대의 사찰터로 전해오다 1914년 경주 기림사에 주석하던 혜광 스님에 의해 인법당으로 중건된 후, 1972년 향곡 스님의 가르침을 받던 재가 불자들에 의해 대웅전이 세워졌다.

여느 사찰처럼 대작 불사는 아니지만 불사를 이끌던 사부대중의 신심과 수행만큼은 깊었다고 한다. 대웅전과 그 어깨 너머에 제비집처럼 위치한 신비한 기운이 느껴지는 산령각과 요사한 동이 이 절집의 전부이다. 번거로움을 싫어하는 이들이 조용히 기도하고 수행하기 좋은 토굴의 느낌이 드는 곳이라 하겠다. 현 주지이신 지현 스님께서도 1978년 법주사에서 공부하다 정진처를 찾던 중 이곳과 인연이 닿아 27년째 주지 소임을 맡고 계셨고 “사찰 불사는 사부 대중이 뜻을 모아 돈으로 하는 것이 아니라 신심으로 하는 것으로 좀더 불사의 서원이 모일 때 까지 기다리면서 부족한 절 살림이지만 대중 화합과 불교 포교를 최우선 과제로 삼아 열심히 정진하겠다.”고 하셨다.