통일신라시대 원효대사에 의해 창건되었고, 그 규모가 대단히 커서 한때 3000여 대중이 모여 수도 정진하였다고 한다. 임진왜란 때는 서울 지역 승병들의 운집처로 왜병과 혈전을 벌였던 곳이다. 임진왜란 때 소실되었던 것을 진영화상이 중창하고 성운화상에 의해 거듭 중창 복원하였다.경내에 있는 천년고불 마애석불은 고려시대 조성된 것으로 보물로 지정되어 있으며, 세존진신사리 석종탑과 나한사 5층 석탑이 봉안되어 있어 법신제불이 상주방광하는 성지이며, 기도 도량으로 널리 알려져 있다. 삼천사 마애여래입상은 양감을 뚜렷하게 표현하지는 않았지만, 원만한 얼굴 표정과 부드럽게 흘러내린 유려한 옷고름 등에서 고려불화를 연상케 하는 독특한 매력을 보여 주는 고려의 마애불이다. 현재 융기선을 따라 금분칠을 하여 본래의 모습과 다소 달라졌지만 아직도 사람들의 시선을 끌고 있으며 좌우에 네모난 목조가구의 흔적이 남아있다. 민머리 위에 높은 살상투가 솟아 있고, 풍만하고 둥근 얼굴에는 입가에 미소가 번져 온화한 느낌을 준다. 가슴에는 내의를 묶는 띠매듭이 리본형으로 표현되어 있는데 이러한 띠매듭은 통일신라 후기 상에 많이 보이는 형태이다. 양쪽으로 벌어진 연꽃대좌는 불안정라며 광배는 두 줄의 두광과 한 줄의 신광으로 간략화 되어 있다. 신체의 비례가 자연스럽고 조각수법도 섬세한 편이며 선묘도 유려하여 고려를 대표할 만한 뛰어난 마애불로 알려져 있다.