고려 공민왕에 승려인 나옹선사에 의해 창건되었으며 장구한 역사를 지닌 고찰이다. 본시 대강면 황정리 28번지에 있었으며, 대사찰이던 대흥사의 말사로 주재했었다. 구한말인 1879년 일본군의 침략이 있었던바 문경에서 봉기한 의병장 황토고리군과 접전 끝에 본사인 대흥사는 불에 타 소실되었고, 1954년 적생분자 소탕작전 관계로 황정리 일대에 소개령이 내려졌으므로 그곳 주민과 함께 청련암 또한 현 위치인 사인암리 산 27번지에 이주하면서 기존의 대들보와 기둥을 함께 옮겨와 이전함으로서 현재에 이르고 있다. 대웅전의 주불은 고려 말에 조성된 대세지보살상을 모셨고 좌보처로 지장보살상과 우보처로 관세음보살상을 모시고 있다.