양주시 회암동 천보산(天寶山) 남쪽 기슭에 있는 회암사(檜巖寺)는 1328년(충숙왕15)에 인도에서 원나라를 거쳐 고려에 들어온 지공화상이 인도의 나란타사(那蘭陀寺)를 본떠서 창건한 266칸의 대규모 사찰이었다.고려 말의 대유학자 목은 이색(李穡)이 지은 천보산회암사수조기(天寶山檜巖寺修造記)>에 의하면 서천(西天) 108대 조사라는 지공(指空)화상이고려에 와서 머물고 있을 때, 이곳 천보산을 지나가다 인도 최대의 불교대학이 있던 나란타사(那蘭陀寺)의 지세와 같은 삼산이수(三山二水)가 갖춰져 있으니 이곳에 큰 절을 지을 만하다고 생각하여 지공의 법통을 이은 나옹선서가 이곳에 대찰을 일으키게 되었다고 한다.

이는 1374년(공민왕23)에 나옹대사에 의해 대대적인 불사가 시작되었고 1376년(우왕2)에 나옹이 입적하자 그 문인인 각전(覺田) 등이 마무리 지었는데, 전각이 모두 262칸이었고 모셔진 불상도 15척 짜리가 7구나 있었고 관음상도 10척이나 되었다고 한다. 그래서 당시의 회암사는 크고 웅장하고 아름다웠고, 이 모습은 중국에서도 많이 볼 수 없다고 할 정도였다.이와 같이 나옹에 의하여 우리나라 제일의 사찰이 되었으나 그 역사는 나옹(1320~1376)이 머물기 오래 전부터 있어 오던 사찰이었다. 즉 《동국여지승람》권11의 양주 회암사조에 의하면 1174년에 금나라의 사신이 회암사와 왔던 적이 있으며, 태고 보우(太古普愚, 1301~1382)가 1313년에 13살의 나이로 회암사 광지(廣智)선사에게 출가했음을 그의 비문을 통해 알 수 있다.

그리고 나옹 또한 20세에 출가한 후 25세 때인 1344년(충혜왕 복위 5)에 깨달음을 얻었던 곳도 바로 이 회암사였던 것이다. 요컨대 나옹 말년인 1370년에 창건된 것이 아니라 이미 12세기부터 존재하고 있었던 셈이다. 하지만 나옹과 그 문인에 의하여 회암사가 국가와 왕실의 지원을 받는 대규모의 사찰로 새롭게 발돋움했던 것 또한 사실이다.나옹에 의한 불사가 이루어진 이후 고려 말 조선 초에 왕실의 원찰이자 국가의 중심사찰로서의 구실을 해왔다. 특히 태조는 무학을 이곳에 머물게 하고 자신도 자주 왕래하였으며 많은 토지를 내리기도 하였다. 세종 대에도 선종에 속한 사찰 가운데 승려와 전답이 가장 많은 사찰로 진관사(津寬寺)와 함께 중요한 구실을 하였다. 이후 성종 때에 한차례 중수가 이루어졌다. 김수온(金守溫)이 쓴 <회암사중창기에 의하면 1472년(성종 3)에 세조 비인 정희(貞熹)왕후의 발원으로 정현조(鄭顯祖)로 하여금 새로 지은지 100여년이 되어 퇴락한 절을 중수케 하였다고 한다. 이에 정현조는 정양사(正陽寺) 주지 처안(處安)과 더불어 널리 승속을 모아 13개월 만에 절의 면모를 일신하는 대중창 불사를 이룩하였던 것이다.

그러나 조선왕조의 억불숭유정책이 심화되면서 절은 여러 차례 유생의 상소와 지탄의 대상이 되기도 했다. 명종의 어머니이자 중종의 비였던 문정왕후(文定王后) 윤씨가 선교양종을 다시 복구하고 승과를 실시하는 등 허응당 보우(虛應堂普雨, 1515~1565)를 내세워 불교중흥을 꾀하여, 1565년(명종 20) 이곳에서 보우와 함께 대설무차대회(大設無遮大會)를 여는 등 한때 번성하였으나 문정왕후가 죽고 보우마저제주도로 유배되어 피살됨으로써 퇴락의 길로 접어들게 되었다. 즉 나옹 이후 200여 년간 동방 제일의 대가람이었던 회암사는 보우의 피살과 함께 폐사의 길로 치달았던 것이다.

19세기에는 넓디넓은 절터에 남아 있던 지공과 무학의 부도와 탑비마저도 훼손을 당하는 비운을 겪었다. 즉 1821년(순조 21)에 광주에 사는 이응준(李應峻)이란 자가 술사(術士)인 조대진(趙大鎭)의 말을 듣고 이곳 법당자리로 선친의 묘소를 옮기기 위하여 지공과 무학의 부도와 탑비를 헐고 깨뜨려버렸던 것이다. 이에 경산(京山)의 각 사찰의 납자들이 유생 이응준의 폭거에 항의하고 삼화상(三和尙) 부도 옆에다 현존의 큰 방을 지어 부도를 수호하게 하는 동시에 그 것이 옛 회암사의 후신임을 표명하기 위해 회암사라 하였다.

이 사실이 알려지자 나라에서 두 사람을 섬으로 유배하고 1828년에 탑비와 부도를 다시 세웠다는 내용은 현존 무학대사비 음기에 나와 있다. 또한 운허용하(耘虛龍夏)스님의 <천보산회암사대웅전창건기에 의하면 1828년에 탑비를 다시 세우면서 조그만 암자를 지어 가람을 수호하고 옛 회암사를 잇게 했으며, 1849년 몽성(夢惺)화상이 중건하고, 1922년에는 봉선사 주지 홍월초(洪月初)화상이 새로 보전대웅전을 지어 불상을 봉안하고 지공·나옹·무학 등 세화상의 진영을 모셨다고 한다.