순천시 서면 청소리 계족산 중턱에 자리한 정혜사는 통일신라 시대 말 보조국사 체징선사(804~880년, 장흥보림사 구산선문 중 가지산파의 창시자)께서 창건하셨고, 제2창건은 혜철국사께서 창건 중창하셨다는 기록이 1854년(철종 5년) 대웅전 상량문에 기록으로 남아 있다. 이 지방에서는 아주 오래된 사찰이라는 뜻으로 '고사절'이라는 이름으로도 불렸으며 대한불교조계종 제19교구 본사 화엄사 말사이다. 또한 송광사 원감국사 충지스님이 서기(1226~1293년)에 스님의 스승에 대해 쓴 '혜소국사 제문' 등에 보면 정혜사는 혜소국사가 창건했다는 기록도 있다. 임진왜란 때인 선조 20년(1592)에 소실되어 흔적만 남아있는 것을 임진왜란 이후에 신욱스님께서 정사년(1671년, 광해군 9년)에 법당 3칸을 중창하셨다는 기록이 대웅전 상량문에 기록으로 남아 있다. 1725년(영조 원년)에 새로 삼존불을 조성했는데 수미단 위의 중앙에는 아미타불을 주존으로 모시고 좌측에는 관세음보살을, 우측에는 대세지보살을 협시불로 안치하였다는 내용이 '불상대좌명문'에 기록으로 남아 있다. 이러한 기록으로 보아 대웅전은 1671년의 건축물인 것으로 보인다. 대웅전은 1984년 11월 30일 보물로 지정되었으며 지정 사유는 정혜사의 역사가 깊고 대웅전 건물이 그 시대의 건축물 특성을 잘 갖추고 있는 다포양식의 웅장한 건축물이기 때문이다.

지금의 정혜사는 송광사 제6대 원감국사이신 충지스님(1226~1293)께서 큰 원력을 세우셔서 쇄락해 가는 도량을 관음기도로 부흥시켜 본래의 모습을 되찾았다고 한다. 그래서 지금도 전국에 잘 알려지지 않은 관음기도 도량으로 명성이 나있으며 간절히 기도 발원하면 꼭 소원이 이루어진다는 영험 있는 도량으로 알려져 있다. 순천읍지와 동국여지승람에는 정혜사에 부처님의 진신 치사리를 봉안했다는 기록이 나와 있으나 현존하지는 않는다. 대웅전 현판의 글씨는 안동 김씨 세도정치의 기반을 수 놓은 순조의 장인 김조순(1765년-1832년)의 글씨이다. 천 년의 숨결이 느껴지고 오랜 연륜을 자랑하고 있는 천 년 고찰 정혜사는 단아하고 중후한 멋을 한껏 자랑하고 있으며 보조국사의 정혜쌍수의 진리를 생각나게 하기에 충분하고 천 년의 역사를 다시 써 내려가고 있다. 특히 덕림 스님의 큰 원력으로 종각 불사를 시작으로 공양간, 보제루, 일주문 불사로 대 가람의 면모를 잘 갖추어 가고 있다.