1663년(현종 4) 이유태(李惟泰)가 중동(지금의 상왕동)으로 이주한 뒤 후학을 양성하기 위하여 사송서재(四松書齋)와 함께 세운 사립교육기관으로서 이곳에서 수백 명의 문인(門人)을 육성하였다고 한다. 원래 명칭은 용문서재(龍門書齋)이며, 지금의 용문서원은 1977년 국가의 지원을 받아 고택(古宅)과 함께 복원한 것이다. 사우 6칸, 신문 1칸, 좌우 협문 각 1칸, 장서각 6칸, 동재 6칸, 유물 전시관 8 칸, 강당 8칸, 고사 1칸, 대문 3칸 등으로 이루어져 있다. 용문서원을 중심으로 왼쪽에 고택이 있고, 오른쪽에는 용문서원의 전통을 잇기 위하여 부설로 세운 공주전통문화교육원이 있다. 사단법인 이초려기념사업회(초려는 이유태의 호) 소유이며, 이유태의 문중인 경주이씨 문헌공파 종가에서 관리한다.