불탑사는 1914년경 포교활동을 시작하여 1923년에 안봉려관스님과 안도월스님이 3간 규모의 초가법당 1동을 새로이 건축함으로서 명실상부 관음사 동부지역의 포교 중심지가 되었다. 조선총독부 관보에 의하면 사찰 계출일은 1930년 3월 25일이며 당시 명칭은 대흥사 제주포교소 불탑출장소였다. 이 사찰은 좁은 길을 사이에 두고 마주 세워진 원당사와 함께 고려 충렬왕 26년(1300년)에 세워진 옛 원당사 터에 자리하고 있다. 사찰 경내에는 보물 제1187호로 지정된 오층석탑이 있는데, 이 탑은 원나라의 황실에 공녀로 끌려가 황후가 된 기(奇)씨에 의해 세워진 것이다.
불탑사는 1934년에 김중봉스님이 감원으로 취임하여 와가로 된 법당 4간을 증설하였다. 해방 후 1945년 12월에는 조선불교혁신 제주승려대회가 열렸는데, 불탑사 대표로 김태웅스님과 김덕희스님이 참여했다. 그리고 1948년 4ㆍ3이 일어나자 그 해 11월경에 불탑사는 삼양리 마을로 소개되었다.
소개 당시 헐린 불탑사 건물은 1953년 김경호스님에 의해 재건되기 시작하여 1960년대에 와서 몇 차례의 중건 끝에 현재의 모습으로 자리하게 되었다.