용천사의 창건에 관한 기록은 [咸平龍泉寺熟石壘階勸文] 과 [咸平龍泉寺大雄殿제板丹靑記]에 보인다. [咸平龍泉寺熟石壘階勸文]에서는 신라의 行恩尊者가 용천사를 開山하여 海門大叢林으로 만들었다고 하고 [咸平龍泉寺大雄殿제板丹靑記]에서는 당의 玄宗朝(172~756)에 國幸師尊思어가 창건했다고 한다. 두 기록을 보았을 때 용천사는 통일신라때 창건되었다고 할 수가 있다. 또한 [咸平龍泉寺大雄殿제板丹靑記]에 따르면 용천사는 정유제란(1597)때 병화를 당한 후 1632년(인조 10)에 대웅전이 중창되었다고 하며 6년 뒤 1638년(인조 16)에는 부속건물이 새로 지어지고 1705년(숙종 31)에는 다시 한번 중창이 이루어 졌다. 이후 19세기 후반에는 懸雲선사가 퇴락한 건물을 중수하였다고 한다. 근년에 접어들어서는 6.25동란시 전소되었다가 1964년부터 錦堂스님에 의해 대웅전이 복원되었고 1996년도에 다시 한번 대웅전이 복원되었다. 함평군에서는 사역 전체에 대한 시굴조사를 포함한 종합조사를 실시하여 용천사의 창건연대와 건물지의 분포, 사역의 범위 등을 밝히고 정비복원을 위한 기본계획을 수립하고자 전남대학교 박물관에 조사를 의뢰하여 발굴조사를 실시함.