금수사는 지금부터 400여년전 임진정유왜란 직후 사명대사께서 강화사로 일본에 갈적에 구계산 (본사 소재산)에서 일박하시면서 석간수를 마시고 이물이 금정감로수이므로 수도인이 주거할 곳이라고 하자 한제자가 이곳에 한칸 초암을 짓고 금수암이라 하였다. 그뒤 제자 석봉화상이 주지하였다가 1951년 1.4후퇴시에 금강산 유점사 혜은 법흥 화장이 이 절에 와서 석봉화상으로 부터 주지직을 인계받아 1952년에 사찰을 중수하여 1953년에 주변대지 천여평을 매입하고 노장스님들을 모시고 만일 염불회를 설립하였다. 그후 1960년에는 본사의 주전각인 대광명전을 창건하고 1962년에는 3층으로 된 현대 건물 불교회관을 설립하였다. 그리고 1966년에는 해인사 대장경을 영인하여 580 여권을 소장하였으며 1972년에는 종각을 건축하여 3천근의 범종을 주조 설치하였고 1983년에는 사천왕문, 1984년에는 석존사리탑 건립, 1985년부터 만불조성사업을 펼치고 있으며 1987년에는 종조 원효성사 동상 및 제9대 묵담대종사 사리탑 건립등 대불사를 추진하여 현재에는 대한불교 원효종의 대본산 사찰로서 그 면모를 갖추고 있다.