법화사는 고려시대 제주 최대의 가람으로 전해지고 있는 사찰이다. 법화사의 중창은 고려 원종 10년(1269년)부터 충렬왕 5년(1279년)까지 대대적으로 이루어졌는데, 이는 원나라가 제주를 남송 및 일본 정벌의 전초기지로 활용하기 위한 전략적 배경이 있지 않은가 하는 시각이 있다.
원나라의 지원으로 커다란 위세를 떨치던 법화사의 교세는 점차 약화되어 16세기 후반에 와서 법화사는 폐사되며, 이후 17세기에 초가 암자 몇 채가 지어져 사찰의 명맥을 유지해 오나 18세기에는 그것마저 사라지게 된다.
법화사는 1926년 초 관음사 주지 안도월스님과 안봉려관스님에 의해 산남의 제주관음사 포교지소로 새로이 건물을 짓고 중흥의 시기를 맞는다.
근대에 활발한 포교활동을 펼치며 산남의 불교를 대표해 오던 법화사는 그러나 4ㆍ3과 6ㆍ25를 거치면서 군에 의해 두 차례 소실되는 운명을 겪게 된다. 1960년대 후반, 당시 법화사 터에 정지 작업을 하던 중 직경 80~120Cm의 주초석과 거대한 지대석들이 발견되어 발굴조사에 착수하게 되었고, 현재 다수의 유물과 여러 동의 건물 터가 발견되어 복원불사가 진행 중이다. 지금의 대웅전은 1987년에 중창하였다.