신라 제 51대 진성여왕 3년(889년) 도선국사가 현 연세대 터에 창건하고, 반야사라 하였다.제21대 영조 24년(1748년) 찬즙, 중암 두 스님에 의해 지금의 터전으로 이전하였고,영조는 친필로 봉원사라 현액하였으며, 신도들 사이에는 이 때부터 새로 지은 절이라 하여 "새절"이라 부르게 되었다. 제26대 고종 21년(1884년) 발생한 갑신정변의 주축을 이룬 김옥균, 박영효, 서광범 등 개화파 인사의 정신적 지도자였던 이동인 스님이 5년간 주석하였