서산서원은 1703년(숙종 29)에 경상도 유학 곽억령(郭億齡) 등이 조려(趙旅), 원호(元昊), 김시습(金時習), 이맹전(李孟專), 성담수(成聃壽), 남효온(南孝溫) 등의 병향(幷享)을 사육신의 예에 따라 이루어짐이 마땅함을 국왕에게 상소하여 윤허를 받고 여섯 사람의 제향을 위하여 창건한 서원이 되었다. 1713년(숙종 39)에 ‘서산(西山)’으로 사액되었으며, 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여 오던 중 대원군의 서원철폐령으로 1868년(고종 5)에 훼철되었다. 그 뒤1981년 정부의 보조와 유림의 협력으로 복원에 착수하였으며 1984년에 완공하여 오늘에 이르고 있다.