1994년 신설되면서 당초 2004년까지 한시적으로 운영할 2003년 한국·칠레 자유무역협정의 국회 비준을 앞두고 적용 기한을 2014년 6월로 10년간 연장한바 있다. 하지만 FTA 확대 등에 맞춰 농업 경쟁력 강화와 여건 개선을 지속적으로 지원하는 안정적 재원을 확보하고자 농특세의 유효기간을 연장 2024년 6월 30일까지로 다시 연장되었다. 

농어촌특별세는 농어촌 경쟁력 제고라는 특정 목적에만 사용되는 목적세로서, 증권거래액(0.15%), 취득세액(10%), 레저세액(20%), 종합부동산세액(20%)등 다른 세목의 세액을 과세표준으로 삼아 부가세 방식으로 부과된다.