농산물의 생산ㆍ유통ㆍ판매까지 각 단계별로 정보를 관리하여 농산물의 안전성 등에 문제가 발생하는 경우 해당 농산물의 이력을 추적하여 원인규명 및 필요한 조치를 취하기 위한 제도이다. 농산물이력추적관리제도는 2004년 이전부터 일부 유통회사들을 중심으로 자율적으로 시행되던 축산물ㆍ농산물 생산이력제를 발전시킨 것으로, 2005년 8월 농산물품질관리법 개정으로 모든 농산물에 적용되어 2006년 1월부터 본격 시행되었다. 제도의 시행으로 이력추적농산물을 취급(판매)하고자 할 경우에는 국립농산물품질관리원(출장소)에 이력추적등록을 해야 하며, 등록 후 생산자는 농약ㆍ비료 사용 등 생산정보와 농산물의 출하정보를, 유통업체는 농산물 입ㆍ출고 정보를, 판매업자(대형할인점, 소매상 등)는 농산물 입고일자ㆍ품목ㆍ물량ㆍ납품자 등을 기록ㆍ관리해야 한다. 농산물의 생산부터 수확 후 관리단계까지 농약ㆍ중금속ㆍ미생물 등을 관리하여 농식품 위해요소가 농산물에 혼입되는 것을 최소화하기 위한 목적으로 도입된 ‘우수농산물관리제도’와는 구별된다.