남북한의 교류 활성화 및 경제협력을 통해 상호신뢰와 동질성을 회복하여 다가오는 통일에 대비하기 위해 설치된 기금. 1990년 8월 1일 공포된 「남북협력기금법」에 따라 1991년 3월 공식적으로 설치되었다. 기금의 재원은 정부출연금, 국민성금 및 민간출연금, 채권발행, 재정융자특별회계 및 금융기관 등의 장기차입금, 기금의 운용수익금, 공공자금관리기금의 예수금 등으로 마련하도록 규정되어 있다. 「남북교류 협력에 관한 법률」에 따라 북한과 교역 및 경제협력사업을 시행하는 자는 통일부에 신청한 후 한국수출입은행을 통해 남북협력기금의 대출을 받을 수 있다. 비경제분야 교류는 무상으로, 경제분야 교류는 유상으로 지원된다. 경제분야 남북교류사업의 경우 경제협력사업자금 대출 및 반출ㆍ반입자금 대출을 받을 수 있다. 주요 지원사업은 인적왕래, 문화ㆍ학술ㆍ체육협력사업, 교역 및 경제분야 협력사업, 민족공동체 회복사업 등이 있다.