하나 이상의 보고체계를 가진 조직구조를 의미하는 것으로서, 기존 기능부서의 상태를 유지하면서 특정한 프로젝트를 위해 서로 다른 부서의 인력이 함께 일하는 조직설계방식이다. 매트릭스 조직에 속한 개인은 두 명의 상급자(기능부서 관리자, 프로젝트 관리자)로부터 지시를 받으며 보고를 하게 된다. 이것은 기존의 전통적 조직구조에 적용되는 명령통일의 원칙을 깨뜨린 것이 매트릭스 조직의 가장 큰 특징이다.

대표적인 프로젝트 조직인 ‘태스크포스(task force)’와의 가장 큰 차이점은 매트릭스 조직이 기존의 기능부서 상태를 유지하는 가운데 프로젝트 단위의 조직을 함께 운영한다는 점이다. 매트릭스 조직은 심한 경쟁상황, 새로운 아이디어에 대한 수명주기가 짧은 고성장 산업 등에서 시작되었지만, 지금은 정부, 학교, 일반 기업 등 다양한 조직에서 광범위하게 사용되고 있다. 일관된 명령 체계가 무너져 조직질서의 혼란이나 조직내 파워 게임등의 문제가 생길 수 있는 단점이 있다.