扶余（プヨ）市内の南東錦城山の麓にある「国立扶余博物館」は1929年財団法人「扶余古跡保存会」が発足し、百済の文化財や遺物を集めて扶蘇山の南に位置した朝鮮時代の官衙客舎に展示するようになったものが、そのはじまりです。1939年からは「朝鮮総督府博物館扶余分館」、その後「扶余博物館」と名称が変わり、1970年には扶蘇山南側の麓に新しい博物館を建て、扶余を含めた百済圏に散らばった百済文化遺物を中心に展示しました。1993年8月6日に現在の場所に移転・オープンし、面積61,429平方メートル、4つの展示室と野外遺物展示場に約1,000点の遺物を展示しています。
韓国の伝統様式を導入した八角形の建物の中庭を中心にし、常設展示室である先史室、歴史室、仏教美術室と野外展示室を配置しました。先史室には扶余地域を中心に忠清南道地域で出土した青銅器時代と鉄器時代の遺物、歴史室には泗沘時代の百済の遺物と三国時代の遺物、仏教美術室には泗沘時代の百済の仏教美術品、野外展示室には仏像や石塔などの彫刻作品が展示されています。