据说万渊寺创寺于高丽熙宗4年(1208)，由万渊禅师创建。 万渊禅师在无等山元晓寺完成修行之后，在去往松广寺的途中翻越无等的主峰，在向南走的途中，于万渊寺的寺址上暂做休息，不想进入梦想梦到16罗汉拥着释迦摩尼。醒来之后环看四周发现不知何时下起了大雪周围一片白茫茫。于是称奇，只有禅师躺过的周边雪化升起了阵阵雾气。于是就在此建土窟，随后慢慢发展成了万渊寺。
韩国战争之前，万渊寺还保留了大雄殿、十王殿、罗汉殿、僧堂、禅堂、东厢房、西厢房等3殿8房与大雄殿前的箭楼，箭楼下还有四天王门与三清阁，此外还拥有很多附属小庙。但是这些在韩国战争期间全部毁损。到1978年以后复原了大雄殿、罗汉殿、冥府殿与遥舍居，还复原了附属寺庙中的禅定庵与圣主庵。庙的境内还有指定文化财第185号的拂佛。此外多位名人曾到访过万渊寺。从寺里往东约2公里的地方有万渊瀑布，宁静的山林与溪水都是出游客们喜欢的路线。